Figlio di Benedetto, nato a Roma, Non si hanno molte notizie circa la vita di Sergio III e anche la sua data di nascita risulta ancora sconosciuta, ma si crede ci fossero vincoli parentali con Teofilatto. Divenne suddiacono con papa Marino I, diacono con papa Stefano V e nel frattempo si inserì nei partiti aristocratici e antigermanici, partecipando anche ai disordini che venivano a crearsi.
Fu consacrato vescovo di Cerveteri contro il proprio volere e solo grazie alla rinuncia della carica poté tornare al diaconato, rinunciando all’ordinazione sacerdotale che gli era stata imposta sempre da Formoso.
Con papa Stefano VI, che lui sostenne, fu nuovamente consacrato, ma poi intorno all’898 scoppiarono lotte tra formosiani e antiformosiani e quando i primi vinsero lui fu scomunicato ed esiliato per sette anni. Il suo rientro a Roma avvenne con la forza e una volta deposto Cristoforo, insediatosi al posto di Leone V, si fece consacrare papa il 29 gennaio 904 e legò il suo mandato alla famiglia dei Conti di Tuscolo,
