Nato intorno al 1020, Stefano IX, al secolo Frederic Gozzelon de Lorraine, fu indirizzato verso la carriera ecclesiastica e la seguì velocemente: divenne arcidiacono di Wazone e Teoduino di Liegi, poi cancelliere e biblotecario di papa Leone IX e cardinale.
Fu dopo la morte di Vittore II, colui che lo nominò cardinale poco prima di morire di malaria il 28 luglio 1057, che fu scelto come successore. Il 2 agosto fu eletto e il 3 agosto si insediò scegliendo il nome pontificale di Stefano IX. Il suo pontificato durò fino alla morte, che avvenne nel marzo del 1058.
